管理學院前身為我國最早成立的系統工程系和系統工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科學家錢學森專程到校考察系統工程本科專業學生培養工作，并在上海機械學院系統工程研究所成立大會上發表講話。12月，學校與美國麻省理工學院斯隆管理學院正式簽訂校際合作協議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學項目。

       1981年，學院與美國麻省理工學院斯隆管理學院等高校合作，開始舉辦全英文授課碩士班；1983年美國《華爾街日報》發表專題報道，認為“此舉開創了中國MBA教育的先河”。

       1992年5月系統工程系和系統工程研究所合并成立系統科學與系統工程學院，1999年5月更名為管理學院，2004年原上海醫療專科學校管理系劃歸管理學院，2005年1月22日，由中國科學院系統科學研究所和上海理工大學合作組建，并由錢學森同志親自題詞命名的“上海系統科學研究院”在學校掛牌。2006年1月與學校商學院合并重組成立新的管理學院。商學院始建于1988年，淵源可追溯到20世紀30年代的滬江大學城中區商學院，1997年商學院與原上海機械高等專科學校的管理系合并重組成立新的商學院，歷代校友在商界建樹頗多，影響遍及五洲。